药物化学学科成立于2002年，药物化学是药学的二级学科，主要承担药学专业药物化学、药物合成反应、药物设计学、现代分离技术及应用等课程教学。本学科以创新药物研究为特色，以临床重大疾病治疗未满足需求为目标，以分子设计、药物合成和成药性评价为手段，开展与药物相关的应用基础和开发研究。

药物化学学科现有专职教师10人，其中教授1人，副教授4人，讲师5人。泰山青年学者2人，省级优秀青年基金获得者1人，省级青年科技奖获得者1人，市级有突出贡献专家1人。先后承担国家重点研发计划课题1项，国家科技重大专项重大新药创制项目2项，国家科技支撑项目3项，国家自然科学基金项目8项，国家中医药管理局项目6项，农业部行业专项2项，省级科研项目12项，厅局级科研项目18项。完成新药研究6项，其中获得生产批件2项、临床批件6项。完成的科研成果获部级科技进步一等奖1项、二等奖2项，省级科技进步二等奖5项、三等奖6项，厅局级科技进步奖14项。获国家发明专利22项，发表学术论文150余篇。